В обычных текстах правильно: Священный синод и Синод (если это слово выступает вместо сочетания Священный синод). В церковных текстах принято написание Священный Синод (на что и указывает словарь православной лексики).
Как историческое наименование - первое слово с прописной буквы.
Кавычки не требуются.
Запрета на употребление аббревиатуры нет, но такой запрет может быть принят конкретными редакциями. В целом аббревиатуры ассоциируются со светскими учреждениями, поэтому сокращение РПЦ может восприниматься как наименование, не подходящее для религиозной организации.
Со словом "центр" используется предлог В: поставка в РЦ (центр).
Кавычки одного рисунка рядом не повторяются: "РНЦ "КИ". По возможности лучше использовать кавычки разного рисунка: «РНЦ "КИ"».
Возможны оба варианта, но предпочтительно склонение без выпадения гласного: Украинецу.
