Реципиент — одушевленное существительное. Одушевленность определяется совпадением форм В. п. и Р. п. во множественном числе (для существительных м. р. II склонения — и в единственном числе): (вижу) реципиента = (нет) реципиента. Формы совпадают, существительное одушевленное.

Кавычки не требуются, соединительное тире отбивается пробелами с двух сторон: Выбор пары донор — реципиент осуществляется...

Верно: Плазмида одной клетки (донора) переходит в другую клетку (реципиента).

Это новое слово и для нашей орфографии (то есть для удобства пишущих) желательно, чтобы оно, если останется в языке, подчинилось правилам. А правило таково.

В простых (не сложных) иноязычных словах буква е пишется после гласных букв и, е независимо от произношения — с [j] или без него, напр.: абитуриент [э], ариетта [э], аудиенция [э], градиент [э], диета [э] и [jэ], ингредиент [э], клиент [э] и [jэ], коэффициент [э], пациент [э], регредиент [э], реестр [э], реципиент [э], риелтор, симфониетта [э]. Пишется также е в словах проект и производных проектировать, проекция, проектный (нормативным считается произношение [э] без йотации), интервьюер, траектория, фаер, флаер («листовка»), фраер, ваер, вьюер, туер, буер, элюент. В остальных случаях, в том числе в начале корня в сложном слове, пишется буква э, напр.: инфлюэнция, пауэрлифтинг, полиэтилен, силуэт, статуэтка, тауэр, тетраэдр.

Скорее всего, имеет место орфографическое недоразумение. Мы передадим Ваш вопрос в Орфографическую комиссию РАН.

Запятые поставлены правильно.