Лучше использовать форму единственного числа: действие.
Верно: действие лицензии закончилось, срок действия лицензии истек.
Верно в ед. ч.: анальгезирующее и противовоспалительное действие.
Правильно: с окончанием срока действия договоров подряда (у договоров подряда один и тот же срок действия) и с окончанием сроков действия договоров подряда (сроки действия договоров разные).
Для постановки этой запятой нет оснований.
Предпочтителен первый вариант.
Оба сочетания возможны, выбор предлога зависит от контекста. Ср.: за весь срок действия заграничного паспорта так ни разу и не выехал из России и эти условия распространяются на весь срок действия договора.