Сейчас в значении "штраф" используется форма пени. Вариант пеня считается устаревшим.
Запятая нужна: что такое пуля – придаточное предложение, оно отделяется от главного запятой.
Д. п. - (к ) пене, (к) пеням.
Правильно: пени, пеней, пеням и т. д.
Перечитали Ваш вопрос трижды и не нашли противоречий. Действительно, форма единственного числа (пеня) считается устаревшей, и рекомендуется употреблять форму множественного числа: пени, пеней, пеням и т. д.