Предпочтительна форма ед. числа.
Во исполнение = для исполнения, ради исполнения. В исполнении употребляется с иным значением.
Правильно: в соответствии с протоколом, согласно протоколу.
Верно: согласно протоколу.
Оба варианта возможны.
Какой нужен материал - собственно протоколы допросов?
Форма именительного падежа множественного числа - протоколы.