Без запятых союз как в этом предложении имеет значение «в качестве», из-за чего возникает смысл «в качестве профессионального историка Вы не сделали ни одной ошибки (а в каком-то другом качестве — сделали)». Едва ли это соответствует авторскому замыслу. С запятыми же приложение с союзом как имеет значение причины, что вполне логично для приведенного предложения в целом.

Слово атом появилось в русском языке в начале XVIII века и произносилось двояко: а́том и ато́м. Прилагательное атомный фиксируется в начале XX века, оно было характерно для научной речи и имело ударение именно на втором слоге: ато́мный. Современное произношение прилагательного с ударением на первом слоге утверждается в общеупотребительном языке во второй половине XX века. Современная норма характеризует произношение ато́мный как устаревшее и профессиональное. Уместность такого употребления в профессиональной среде определяет сам говорящий, исходя из конкретной речевой ситуации.

Верно: поставить диагноз, постановка диагноза. Установить можно причину, наличие, отсутствие чего-либо, зависимость чего-либо от чего-либо и т. д.

Такую конструкцию, вероятно, можно отнести к профессиональному жаргону. В литературном языке корректно: в хоккейной коробке, на хоккейной площадке.

Предложение Минимальная стандартная ставка банка — в рынке эллиптическое, в нем тире действительно поставлено на месте пропущенного сказуемого. Предложения Минимальная стандартная ставка банка (—) значительно выше рынка и Ставка (—) выше рынка построены идентично, у них одна и та же грамматическая основа: подлежащее — ставка, сказуемое — выше рынка. Сказуемое выражено предложно-именным сочетанием (слово выше здесь предлог), что не предполагает постановки тире. Впрочем, для логического и интонационного подчеркивания сказуемого тире можно поставить.

Это особенности профессиональной речи медиков. В профессиональных разновидностях русского языка нередко используются слова с особым, отличающимся от зафиксированного в общелитературной норме местом ударения: а́лкоголь, астро́ном, ато́мный, до́быча, искра́, компа́с, наркомани́я, осу́жденный, при́говор, ша́сси и др. За пределами общения в узком профессиональном кругу такое произношение расценивается как ненормативное.

Профессионально значимый — сочетание наречия и прилагательного: значимый (как? в каком аспекте?) профессионально. Профессионально-личностный — сложное прилагательное, образованное от основ с равноправными отношениями (профессиональный и личностный).

Ударное окончание -а часто встречается как раз в профессиональной и разговорной речи (при общелитературном безударном окончании -ы). Ср.: тре́неры (литературная норма) и тренера́ (сниженный и профессиональный вариант).

Корректны оба варианта: инструмент и инструменты. 

Форма единственного числа существительных нередко используется в значении множественного: например, в случаях, когда существительное имеет обобщающее значение. 

В данном контексте корректно использовать определение, согласованное с именем лица: Гражданка Российской Федерации Иванова Анна Петрова, применяющая специальный налоговый режим «Налог на профессиональный доход», именуемая в дальнейшем «Исполнитель».