Правильно: никому не ведомый смысл.
Да, эти слова являются однокоренными. Словообразовательная цепочка, демонстрирующая связь между ними, выглядит следующим образом:
мысль → мыслить → смыслить → смысл.
Приставка с- выделяется как в производном глаголе смыслить, так и в образованном от него существительном смысл.
В Ваших примерах предпочтительно слитное написание. Но: проникнуть в глубь и в сущность.
Любитель – это: 1) тот, кто имеет склонность, пристрастие к кому-, чему-либо (любитель живописи); 2) тот, кто занимается чем-либо не как профессионал, а из интереса (фотограф-любитель), а также тот, кто занимается чем-либо без должной подготовки, дилетант (рассуждает как любитель). С обоими значениями слова любитель соотносится слово женского рода любительница. См. словарную фиксацию.
Во всех приведенных примерах корректно слитное написание.
Вопрос не имеет однозначного ответа. Исторически во всех названных словах общий корень, однако значения слов возникнуть и вникнуть утратили изначальную связь с семой "направленного движения куда-либо", этим можно объяснить невыделение приставок на синхронном уровне описания языка.
В современном языке данный предлог находится еще в стадии формирования, поэтому возможны варианты. Более обоснованным представляется здесь слитное написание: вглубь завоеванной нами территории. Ср.: в глубь океана (=в глубину).
