Слово прообраз пришло из церковнославянского языка, где означало, как указано у В. И. Даля, 'предзнаменование, предуказание в будущем подобного тому, что совершается в данное время'. Написание закрепилось и стало традиционным. К тому же слово прообраз значит 'то, что служит образцом для чего-л.', и оно не обязательно связано с чем-то старым. Например, прообразом может быть какой-то человек, вдохновивший автора на создание литературного персонажа.

Обратите внимание: разные орфоэпические рекомендации даны к разным значениям слова знамение. Для слова знамение в значении ‘символ’, реализующемся, в частности, в сочетании крестное знамение, в качестве правильного указано только ударение на а. Для слова знамение в значении ‘характерный признак’, ‘предзнаменование’ (знамение времени, доброе знамение) в качестве основного указано то же самое ударение, но при этом допустимым признается ударение на е. Следует заметить, что составители словаря пошли здесь на определенные уступки узусу: в других нормативных словарях правильным считается ударение на а независимо от значения слова знамение.