Правильно раздельное написание.
Верен второй вариант.
Правильно дефисное написание: по-настоящему.
Запятая нужна. Прилагательное нужно поставить в другую падежную форму: дел, аналогичных...
Верно: по специальности "лечебное дело".
Предложение составлено неверно. Неясно, к чему относятся слова по следующему делу. Вот возможный вариант начала предложения: В деле отсутствуют документы (не подшиты и не вложены в дело, не представлены проверяющим), подтверждающие направление сообщения в военкомат о вступившем в законную силу приказе...
Запятая не ставится.