Верно: по прошествии.
Начиная со второй минуты означает 'с момента, когда вторая минута началась'; начиная с третьей недели — 'по прошествии двух недель'.
В значении "по прошествии какого-либо времени" предлоги через и спустя равнозначны. Сложно дать пример, когда конструкцию с предлогом спустя нельзя заменить конструкцией с предлогом через.
Вы правы, запятая здесь не нужна. Обстоятельственные обороты, начинающиеся конструкцией «по + имя существительное в предложном падеже» и обозначающие действие, событие, после которого что-либо происходит (по завершении... по истечении... по окончании... по прошествии...), обычно не обособляются. Но запятые ставятся, если оборот носит характер уточнения, пояснения (часто при употреблении после слов «потом», «теперь» и др.), ср.: потом, по завершении измерений, ...
Обособление не требуется. В данном случае "спустя" - предлог, а не депричастие.
Орфографический словарь
Большой толковый словарь
По прошествии какого-л. времени. С. час двинулись дальше. С. несколько месяцев мы встретились снова. [] (после обстоятельства времени). Только год с. они узнали эту новость. Немного времени с. гости собрались уходить. < Немного спустя, в зн. нареч. Разг.
=Немного времени спустя. Немного спустя путники вышли к реке.