Вы правы, хотя — это союз, а после союза запятая не ставится.

То есть — сочинительный (пояснительный) союз, пока (не) — подчинительный союз времени. Сочинительный и подчинительный союзы в начале предложения не разделяются запятой (см. пункт 3 параграфа 123 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): То есть пока пользователь не наторгует в плюс, ему не придется платить налоги.

В этом предложении особый случай: прямая речь находится внутри слов автора. Поскольку перед союзом так как необходима запятая, то только она и ставится после цитаты, необходимости в тире здесь нет. См. пункт 1 параграфа 136 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Корректно с запятой перед частицей только, сопровождающей подчинительный союз если: Отменить формирование отчета можно, только если он находится в статусах «Создано», «Проверяется», «Формирование». 

Для того чтобы — составной подчинительный союз. Придаточные предложения, присоединяемые союзом для того чтобы, выделяются (или отделяются) запятыми. При этом союз может целиком входить в придаточную часть (и не разделяться запятой), но может и расчленяться (в этом случае запятая ставится между частями союза, перед словом «чтобы»). О факторах, влияющих на расстановку знаков препинания, см. в Справочнике по пунктуации.

На границе частей сложного предложения запятая ставится: ...нужно, чтобы...

Вся конструкция представляет собой сложноподчиненное предложение с двумя придаточными (подчинительный союз — если... то), которые соединены одиночным союзом и. Запятая перед ним не ставится, см. пункт 2 параграфа 119 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Правильно раздельное написание: условно заменимые аминокислоты. В данном случае перед нами не слово, а словосочетание: заменимые (как?) условно. 

Пишутся слитно прилагательные, образованные из основ слов, отношение между которыми носит подчинительный характер, напр.: железнодорожный (железная дорога), каменноугольный (каменный уголь), сельскохозяйственный. Пишутся через дефис прилагательные, образованные из двух или более основ слов, обозначающих равноправные понятия, напр.: выпукло-вогнутый, садово-огородный, научно-технический, общественно-политический, 

Вы понимаете правильно: между двумя придаточными, соединенными одиночным союзом и, запятая не ставится, даже если подчинительный союз не повторяется (см. пункт 2 параграфа 119 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).

Запятая перед первым союзом и не нужна, так как подчинительный союз если относится к обеим соединяемым частям: Если по прошествии этого времени все правильно сформировалось и у пациента нет никаких жалоб, то проводится установка постоянной коронки, и на этом процесс заканчивается.

Если это прилагательное образовано от названия Старый Саров, то нужно писать слитно: старосаровский. Его написание подчиняется правилу: пишутся слитно прилагательные, образованные из основ слов, отношение между которыми носит подчинительный характер, напр.: железнодорожный (железная дорога), каменноугольный (каменный уголь) и др.