Орфографически верно: ЖК «Город первых», «Невская долина». С большой буквы пишется первое слово заключаемого в кавычки условного наименования.

С прописной буквы пишется первое слово официального названия: Историко-краеведческий музей АлтГПУ.

В названиях организаций, учреждений, обществ с большой буквы пишется первое слово: Лондонское королевское общество. Если название усечено до двух слов, с большой буквы пишется первое слово усеченного названия: Королевское общество.

Верно: Я общалась со студентами Института кино и телевидения. Если название употребляется в сокращенном виде, то с прописной пишется первое слово названия.

Если слово государственная не является частью официального названия, оно пишется со строчной буквы. В таком случае с прописной пишется первое слово названия и имена собственные: государственная Книга рекордов.

Правильно: Государственная книга рекордов; Государственная книга рекордов России. В составных названиях с прописной буквы пишется первое слово названия и собственные имена.

Согласны с Вами: стоит выбрать вариант Приказ тайных дел. Такой вариант соответствует общему правилу о написании названий организаций: с прописной буквы в них пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные. Ср. другие исторические наименования различных ведомств, зафиксированные в академическом орфографическом словаре, размещенном на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН:

Верхо́вный та́йный сове́т (в России, 1726–1730)
Вре́менное прави́тельство (в России, 1917)
Госуда́рственная ду́ма (в России, 1906–1917)
Прави́тельствующий сена́т (в России, 1711–1917)
Та́йная канцеля́рия (в России, XVIII в.)
Тре́тье отделе́ние (гос. учреждение в России, ист.)

Да, в образных названиях государств с прописной буквы пишется первое слово и собственные имена. Но это бесспорно для таких названий, где есть устойчивая традиция употребления. Не для всех названий такое устойчивое написание закрепилось. Поэтому чем менее распространено название, тем больше вероятность, что оно не захочет подчиняться данному правилу. Например, в контексте Хочу провести отпуск в стране пиццы и спагетти строчная буква более чем уместна. Окончательное решение в спорных случаях следует оставить за автором текста.

Согласно § 183 «Правил русской орфографии и пунктуации» с прописной буквы пишется первое слово и собственные имена в названиях религиозных праздников. Если речь идет о поздравлении, значит, Воскресный день воспринимается как праздник, в этом случае уместно использование прописной буквы.

По правилам в наименованиях с большой буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные. Правильно: корабль «Черная жемчужина», шхуна «Полярная звезда».