Правильно: панцирь. В большинстве корней в русском языке пишется гласная И после Ц.

Дело в том, что слова цыпленок, цыпочки, цыкать, цыц имеют специфические междометные корни, что оправдывает их особое написание. Что касается существительного цыган, то это слово осталось единственным в списке исключений, не имеющим междометного корня. Раньше таких слов было больше: панцырь, цырюльник, цынга, цыновка – написание этих слов было изменено в 1956 году (когда были приняты действующие правила русского правописания). Почему слово цыган осталось в списке исключений, а не стало писаться через и, как панцирь и другие слова? Вероятно, это связано с тем, что цыган – слово с богатой культурно-исторической традицией (например, оно употребляется в названии поэмы А. С. Пушкина) и лингвисты понимали, что изменение его написания многими было бы воспринято болезненно.

Поскольку перед составным союзом есть слово особенно, запятая ставится между частями союза и не ставится перед ним: "Панцирь-СМ" на базе "Торнадо" заслуживает особого внимания особенно после того, как в "Панцире С1" нашли недостатки.

Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".

Нужна запятая после слова панциря: это сложносочиненное предложение.

Вы правы, изменение написания слова связано с утверждением в 1956 году новых правил правописания. Что касается значений, то многие связанные с техникой слова сегодня употребляются несколько иначе, чем в 30-е годы прошлого столетия. Можно обратиться хотя бы к истории слова самокат (в словаре Д. Н. Ушакова этим словом назван велосипед).

Слово санкирь мужского рода.

Мужская фамилия Пастырь склоняется так же, как существительное пастырь: Пастыря, Пастырю, Пастыря, Пастырем, о Пастыре.