Подобные преобразования чаще всего происходят под влиянием языков-посредников (иноязычное слово ведь не всегда попадает в язык непосредственно из первоисточника). Так, в английском сосуществуют два написания: orang-outang и orang-utan. То же и во французском. Так что наличие двух вариантов у нас объясняется влиянием языков-посредников при заимствовании. А почему у них — это вопрос к германистам и романистам. Возможно, сыграли роль особенности произношения у малайцев — что-нибудь такое гортанное или носовое.
Дополнительные знаки препинания не нужны.
Оба варианта написания и произношения правильны: орангутан и орангутанг.