Вопрос очень обширен, Вы можете найти подробные рекомендации по оформлению сокращений и оглавлений в книге А. Э. Мильчина "Справочник издателя и автора". Книга есть в Интернете в электронном виде.
Запятая не требуется: это обозначение единой денежной суммы.
Речь идет о трех разных организациях, поэтому рекомендуем писать: ООО "ЖКС № 1", "ЖКС № 2", "ЖКС № 3".
В деловых текстах часто пишут так: договор заключен между сторонами. В то же время встречается и оборот договор заключен сторонами.
Возможно: ООО «УП "Металлург"», ООО «УП «Металлург».
Эти слова различаются по значению: топ-сайты – это сайты, лучшие по какому-то признаку (занимающие первые строчки в рейтинге), а топ сайтов – сам рейтинг, список лучших сайтов.