Оба варианта возможны, выбор зависит от смысла, который вкладывает автор, и контекста.
Возможно как слитное, так и раздельное написание. При слитном написании утверждается неясность, при раздельном – подчеркивается отрицание (отрицается ясность).
Указанные в скобках запятые не нужны, так как союз и в том и в другом предложении соединяет две однородные придаточные части (в первом примере главная часть восстанавливается приблизительно как Мы расскажем, какие факторы влияют на этот процесс и возможно ли его замедлить).
Написание слов правильное.
Плоды были не на деревьях, не между ними и не на дороге.
При таком порядке слов сочетание не знаю необходимо выделить, при этом лучше использовать два тире или скобки. Однако предложение построено неудачно, желательно его перестроить.
На выходных – разговорно-просторечный вариант, допустимый в непринужденной речи. Общеупотребительно и нормативно: в выходные.