Лучше: Какую скидку применить первой?
Основные правила согласования сказуемого со счетно-именным оборотом можно прочитать в «Письмовнике». В Вашем примере возможны обе формы сказуемого, выбор будет зависеть от смысла. Форма ед. числа уместна, если 500 баллов будет начислено одному лицу или объекту. Форму мн. числа нужно выбрать, если баллы предназначены нескольким людям или объектам.
Корректно: пенсия за выслугу лет, вознаграждение за выслугу лет.
Указанная запятая не нужна.