Второй вариант предпочтителен.
В этом случае сочетание: две души. Числительное два (две) требует формы единственного числа родительного падежа, поэтому ударение падает на и: две душИ.
Такие сочетания можно образовать.
Верно: дупло в дубе.
Оба варианта возможны.
В значении 'нравиться' правильно: быть по душе кому-либо. Правильно: будет по душе детям и родителям.