Глагол щелкать многозначный и употребляется даже в тех случаях, когда звуковые признаки не характеризуют действие. В описаниях манипуляций с сенсорными устройствами важно использовать понятные и удобные обозначения. Именно в таком ключе следует рассматривать и возможные выражения с обсуждаемым глаголом.
Запятая нужна: Нажимая кнопку «Мин», установите нужное значение минут. Отделяется запятой деепричастный оборот.