Выбор слова зависит от того, где находится стоянка: на земле (например, во дворе дома) — наземная стоянка, над землей (например, на нескольких этажах специального здания) — надземная.
Верная пунктуация: Однако спустя некоторое время появилось новое пожелание Заказчика внести изменение в структуру кварталов, связанное с пожеланием отказаться от двух подземных уровней и выполнить парковку в виде частично надземного стилобата. Для постановки запятой после время нет оснований, так как спустя некоторое время — это не деепричастный оборот. Запятая после слова кварталов отделяет последующий причастный оборот.