Все названные варианты не вполне удачны. Каков смысл сочетания? Может быть, следует заменить его на путеводитель по карьере?

Да, в таком сочетании нужен дефис.

Корректно: «Навигатор» позволяет выбирать на DVD фрагменты для воспроизведения, такие как, например, эпизоды, закладки или клипы. Для второго примера возможны варианты: Он дублирует некоторые функции, имеющиеся на "Пульте" (например, движок регулятора громкости), и, таким образом, Вы можете легко изменять настройки (таким образом выделяем как вводное) и Он дублирует некоторые функции, имеющиеся на "Пульте" (например, движок регулятора громкости), и таким образом Вы можете легко изменять настройки (таким образом в значении «таким способом»).

Если "Фармапоиск" - это собственное название навигатора, то нужно заключить это слово в кавычки.

Кавычки не нужны. Это значение слова навигатор давно уже не является новым, необычным, непривычным, поэтому корректно писать без кавычек.

Как правило, используется первый вариант.