В русском языке давно существует целая группа слов, однокоренных со словом Молдавия: молдавский, молдаване, молдаванка, молдаванский (к Молдавия и молдаване), по-молдавски, молдавско-российский и др. В нескольких из них ударение падает на гласный а. Появление нового названия Молдова не должно менять исторически и системно мотивированных норм произношения и написания.  

Нет, поскольку русское слово молдаване образовано от русского названия страны – Молдавия. Республика Молдова – это название, используемое в официальных документах. Наличие этого официального наименования не отменяет существования в русском языке слова молдаване. Аналогично: Республика Беларусь (официальное название в документах), но белорусский, белорусы (эти слова образованы от слова Белоруссия, которое по-прежнему употребляется в неофициальных текстах).

Дело в том, что прилагательное белорусский образовано от слова Белоруссия, а не от слова Беларусь, ставшего частью официального названия страны (Республика Беларусь). Аналогичный пример: Республика Молдова (официальное название), но молдаване (т. к. это слово образовано от русского названия – Молдавия).