Дело в том, что и полное название факультета также пишется строчными буквами, несмотря на уникальность. Аббревиатуру нужно писать строчными.
Это устоявшаяся аббревиатура, которая образовалась из начальных слогов частей сложного слова. Такие аббревиатуры пишутся слитно.