На наш взгляд, повторно использовать кавычки в указанном примере не требуется, поскольку автор уже обратил внимание читателя на употребление слова в переносном значении (при первом упоминании).
Наиболее корректные варианты оформления предложения таковы: Здесь установлен двигатель, который соединен с системой манипулирования, (например, непосредственно или через трансмиссию) или Здесь установлен двигатель, который соединен с системой манипулирования – например, непосредственно или через трансмиссию.
Также возможно без запятой после например: Здесь установлен двигатель, который соединен с системой манипулирования, например непосредственно или через трансмиссию.