Этот вопрос Вы можете перенести в форум "Курилка": http://www.gramota.ru/forum/kurilka/

Если Вы послушаете, как произносятся все перечисленные Вами формы слова лисий, то услышите, что во всех есть звук [й]. Значит, этот звук и является конечным звуком основы прилагательного. Но он передается буквой й только в начальной форме, потому что он стоит в конце. В других формах звук [й] и последующий гласный окончания передаются буквами е, и, я. 

Правильно: Лилии.

Верно слитное написание. 

Правильно: литий (металл) и «Литий» (наименование организации). Условные наименования организаций заключаются в кавычки и при наличии родового слова, и при его отсутствии. Подробно о кавычках при собственных наименованиях см. в «Письмовнике».

Часть -иj- - это суффикс притяжательного прилагательного. Этот суффикс сохраняется и в прилагательном лись-j-я.

Правильно: Лилии.

Склоняется только мужская фамилия. Возможно адъективное склонение (по образцу прилагательных: Левего, Левему и т. д.) и субстантивное склонение (по образцу существительных: Левия, Левию и т. д.). Здесь право выбора типа склонения – за носителем фамилии.