В первом предложении запятая не ставится: оборот с союзом как имеет значение приравнивания и отождествления.
Во втором предложении запятая не ставится: как употребляется в значении "в качестве".
В третьем случае запятые перед как и после командира нужны: приложение с союзом как имеет дополнительное значение причины.
В значении "после окончания курса" верно: по окончании. Если сочетание употребляется в другом значении, то верен второй вариант.
Оба варианта корректны. Цифровая запись порядковых числительных более характерна для деловой речи.
Правильно: в курсах.