Могут использоваться разные варианты. Следует руководствоваться рекомендациями Словаря имен собственных, а также нормативными картографическими источниками.
Если действие происходит в настоящем, а героиня рассказывает о прошлом, то следует выбрать тот вариант, который будет правильно ее характеризовать.
Так, если она говорит по-старому, значит, она привязана к тому времени и не переучилась называть город на новый лад, а может быть, и не знает, что название изменилось. Если героиня говорит по-новому, скорее всего, она следит за событиями, погружена в современность, а не в прошлое. Так что выбор зависит от того, какими чертами вы хотите наделить персонажа.
Да, по-русски тоже следует писать Костанай, именно такой вариант фиксируют сейчас словари собственных имен.