Оба варианта верны.
Следует писать с дефисом (контр-я) по аналогии с зафиксированным сверх-я.
Приставка контр... пишется слитно (в том числе и перед р): контрразведка, контрреволюция.
Правильно: Николя-Жак Конте.
Да, в этом случае применимы правила координации, правильным будет написание через тире.
Корректно слитное написание обоих слов.
Об этом нужно спросить носителя фамилии. Произносится фамилия в соответствии с семейной традицией. В разных семьях фамилии могут совпадать по написанию, но произноситься по-разному, ср., например: Ива́нов и Ивано́в.
Словарной фиксации нет. Корректно: Третий пересадочный контур (ср.: Третье транспортное кольцо).
Запятые не нужны, однако предложение лучше перестроить: С целью контроля за соблюдением порядка использования радиочастотного спектра и радиоэлектронных средств Управлением (каким?) была направлена в Управление по Воронежской области филиала ФГУП ГРЧЦ в ЦФО заявка на проведение внепланового мероприятия по радиоконтролю.
Слово группа в подобных случаях следует писать со строчной буквы.
