Если речь идет именно о названии, а не о доменном имени, то названия на -А нужно склонять по образцу существительных первого школьного склонения: на Грамоте.Ру, но по адресу www.gramota.ru.
Разнобой возникает с существительными второго склонения, ср.: на "Яндексе", но на Мейл.Ру (не на Мейле.Ру).
При всем этом важно, чтобы при склонении названия не потерялась информативная функция сообщения, чтобы собеседник действительно понял, о каком сайте идет речь.
Верно: Карловых Вар.
Запятые нужны.
Постановка запятых уместна.
Верно с запятой в скобках.
Правильно: Карлови-Вари и Карловы Вары; Марианске-Лазне.