Следует писать с большой буквы: Анапский район.
Корректно дефисное написание, так как прилагательное образовано от названия населенного пункта, включающего имя и фамилию (Бободжан Гафуров). Ср.: Лев-Толстовский район (от названия поселка Лев Толстой). См. также правило (пункт 3).
Поскольку оба названия имеют в дательном падеже одну и ту же форму, определить затруднительно.
Рекомендуем такой вариант: передало в собственность Аургазинского муниципального района Республики Башкортостан.
В сочетании с родовым словом район название Черемушки не склоняется. Верно: в районе Черемушки, из района Черемушки.
Корректно: нет муниципального образования Тимашевский район, МО Тимашевский район.
Правильно с прописной (большой) буквы.
Устоявшегося (и нормативного, правильного) написания нет, предложенный Вами вариант оформления возможен.