О зубре – стилистически нейтрально, про зубра – с оттенком разговорности.
Возможны два варианта: или называть такие слова исключениями, или все же выделять в них приставку, признавая, что автор словаря несколько поспешил, указав, что процесс сращения приставки и корня уже завершился. Первый вариант плох тем, что исключений получится довольно много, а зубрежка для многих детей прием малоэффективный. При втором подходе нужно разобрать по составу такие слова вместе с детьми, потому что выделение в этих словах приставки связано с определенными трудностями: корень в них не так отчетливо виден, как в словах типа подъехать, съесть. См. также ответы на вопросы № 290730, 284145.
Верно: у шестеренки 120 зубьев.
Все зависит от того, какое значение Вы вкладываете в это сочетание, в каком контексте желаете употребить его.
В этом предложении следует писать раздельно: Прямые рейсы по России и за рубеж.
Корректно: Усиленная трещотка (90 зубьев).
Эти слова имеют общее (синонимическое) значение, но в других значениях различаются (можно задать поиск этих слов в рубрике "Проверка слова" на нашем портале).
Для постановки запятой нет оснований. Сочетание пройти рубеж неудачно, ср.: пройти путь, перейти рубеж.
Деепричастный оборот обособляется, например: Смело по зебре шагая, мы переходим дорогу. Внутри деепричастного оборота Смело по зебре шагая запятые не ставятся.
Нет, кавычки не требуются.
