Запятые ставятся: 1) между однородными членами предложений; 2) между предикативными частями предложений; 3) выделяют осложняющие члены предложений; 4) выделяют некоторые слова, не являющиеся членами предложений (обращения, междометия, вводные слова).

Лучше поставить дефис: нет-нет, да-да.

Поскольку прямая речь, находящаяся в данном случае внутри авторских слов, оканчивается знаком конца предложения, нужно начать ее с прописной буквы. Двоеточие перед кавычками не нужно, потому что прямая речь включена в структуру предложения (выполняет функцию подлежащего). Обратим внимание, что после вопросительного знака, которым заканчивается прямая речь, ставится тире: Наконец послышалось заветное «Да-да?» — и мужчина поднёс телефон к уху.

Сформулируйте вопрос.

Верно с двумя Н.

Здесь нет ошибки: в русском языке довольно свободный порядок слов, и части составных союзов вполне могут разделяться несколькими словами, например: Я только тогда бываю спокоен, когда она сидит у меня на коленях и я пою ей: «Ой за гаем, гаем!» (Л. Вертинская). Мы потому так подробно остановились на этой ситуации с проблемой четырех красок, что, знай о ней Витгенштейн, она привлекла бы его внимание (В. Успенский).

Оборот тогда и только тогда — специфическая формулировка, которая используется чаще всего в математике, логике и философии и часто выносится в начало предложения.