Слово том-ям еще не зафиксировано нормативными словарями, но можно предложить предпочтительные варианты, исходя из общей тенденции развития орфографических норм: со вкусом «том-ям»; со вкусом том-яма.
Лучше: нора была глубока, была глубокой.
Взаимная лексическая сочетаемость этих двух слов сомнительна. Лучше избегать употребления такого сочетания.
Да, такая фамилия склоняется: Рукопись принадлежит Ольге Викторовне Яфе.
Правильно: ЯМР-спектры, ЯМР-спектроскопия.
Оба выражения корректны, однако имеют разное значение. Сходить с ума по кому-чему — очень увлекаться кем-чем-н., быть в восторге, восхищении от кого-чего-н. Сходить с ума от кого-чего — сильно беспокоиться, тревожиться, волноваться, нервничать из-за кого-чего-н.
«Русский орфографический словарь» РАН фиксирует: Баба-яга (сказочный персонаж) и баба-яга (безобразная злая старуха).