Необходимо выделить вводные слова: Главный герой Родион Раскольников, с одной стороны, озлобленный, мнительный, с другой — добрый, сострадательный.
Обособление имени в общем случае не требуется. Оно возможно, только если автор хочет придать этому имени характер попутного замечания, то есть если для него важно, что это был герой «Преступления и наказания», а что это за герой — информация второстепенная.
Запятая нужна: требуется закрыть придаточную часть.
Не нужно обособлять обстоятельство уже с первых страниц романа и лучше использовать кавычки-елочки. Обратите внимание: слово петербургский нужно написать со строчной буквы, это слово не образует официальное название университета. Также важно, что с первых страниц романа мы знакомимся с героем, уже оставившим университет.