В словарях указана сочетаемость в унисон с кем-л., чем-л. Таким образом, верно: Птицы запели с ней в унисон.
Стилистически сочетание, конечно, неудачное. Отметим, что такие вопросы возникают не только у Вас. Вот мнение известного писателя Ю. М. Полякова, главного редактора «Литературной газеты»: Просто некому теперь объяснить автору, что сердца всё-таки «стучат», а не «звучат», что если свобода «заставляет», то это очень подозрительная свобода, ведь именно «тоталитарные режимы» «заставляют в унисон звучать сердца», а свобода как раз предполагает вполне самостоятельные ритмы сердечных мышц. (из статьи «Песней по жизни»).