Нужно поставить запятые на границах частей сложного предложения: Звонок ставится на паузу, в течение которой первый оператор консультирует второго, после чего происходит перевод звонка, который принимается новым оператором сразу или ставится в очередь ко второму оператору.

Доверять можно обоим словарям. Важно помнить, что у них разный адресат и разные цели. «Русское словесное ударение» – словарь, адресованный в первую очередь работникам эфира. В словарях, адресованных работникам радио и телевидения, в подавляющем большинстве случаев варианты не даются, выбирается только один вариант, рекомендуемый для эфира.

Что касается ударения в слове обнял: предпочтительно обнял (поэтому этот вариант рекомендуется для употребления в эфире), но допустимо (т. е. менее желательно, но тоже правильно) и обнял (поэтому этот вариант есть в орфографическом словаре).

Наречное выражение в первую очередь обычно не требует обособления. Однако в некоторых контекстах слова в первую очередь сближаются по смыслу с вводными словами во-первых, прежде всего и могут быть выделены запятыми. Окончательное решение о постановке запятых принимает автор текста.