Запятые не нужны. Если деепричастный оборот выступает в качестве однородного члена предложения с необособленным обстоятельством, то такой оборот не обособляется. Ср.: Алёша длинно и как-то прищурив глаза посмотрел на Ракитина (Дост.)
Корректно употребление формы мн.ч.
Да, знаки препинания расставлены правильно.
Верно: ...не испытывали дискомфорта.
Оба варианты правильны: штабеля и штабели.
Предложение требует правки, например:
Неправильная запись должна быть аккуратно зачеркнута, а рядом должна быть внесена новая запись, заверенная ответственным лицом.
Запятая после зачеркнута не нужна. Обратите внимание, что запись должна быть записана — некорректно, и одно из этих слов следует заменить.
Верен первый вариант.