Возможные варианты: выкрашена в черный и выкрашена черным. Вариант с формой среднего рода некорректен.
Полы – существительное с собирательным значением. Полы были выкрашены, натерты воском и устланы клеенками (И. Гончаров, Обрыв). В большинстве контекстов более уместна форма единственного числа – пол.
Правильно: Прибор, украшенный 5 000 кристаллов.