Слово кубок в значении 'награда' пишется строчными: команда выиграла кубок.

Это безграмотность, причем вопиющая. Правильно только: выиграть у кого-либо. Неправильное употребление возникает, по-видимому, на основе ложной аналогии со словом обыграть, т. к. обыграть можно именно кого-либо: наша команда обыграла москвичей.

Правильный вариант: «Команда выиграла матч в дополнительное время».   

Обычно эту фразу используют для описания ситуаций, когда команда проигрывала, но сумела перехватить инициативу, мобилизовать свои ресурсы, показать силу духа, преодолеть сопротивление соперника и выиграть матч. Если команда проигрывала и затем легко забила множество голов, это может и не считаться волевой победой, так как здесь отсутствует элемент борьбы или значительных усилий для преодоления сложной ситуации. Однако конкретное использование фразы может зависеть от контекста и оценки ситуации болельщиками, комментаторами или спортивными обозревателями.

В словарных статьях глагола выиграть приводится в качестве примера сочетание выиграть соревнования. Поскольку Лига чемпионов — это название турнира, то есть соревнований, сочетание выиграть Лигу чемпионов нормально для русского языка.