Окончательное решение в данном случае за носителем фамилии, но в подобных ситуациях всегда предпочтительно склонять фамилии так, чтобы их падежные формы отличались от форм соответствующих нарицательных существительных. Предпочтительно: Бобера, Боберу и т. д.
Если имеется в виду вода, которой дали отстояться, верно: отстоянная вода.
Возможны оба варианта, но более употребительно минерализованная вода.
Слова вода и водка исторически родственны, но сейчас их вряд ли можно признать однокоренными, значение слова водка невозможно истолковать через значение слова вода. Приведем статью из этимологического словаря Н. М. Шанского и Т. А. Бобровой.
Во́дка. Искон. Суф. производное от вода. Первоначальное значение «спиртовой лекарственный настой» (на травах). Значение «водка», очевидно, возникло у этого слова под влиянием польск. wódka — свободной кальки лат. aqua vita «алкоголь» (буквально — «вода жизни»).
Оба словаря достойны самого пристального читательского внимания, в чем лишний раз убеждает Ваше наблюдение. М. М. Пришвин пишет в повести «Серая сова»: «У бобров были характеры если не сложные, то очень противоречивые, с резко выраженными индивидуальными особенностями». Предполагаем, что в случае с вариантами бобр и бобер могут себя обнаруживать еще и действительные, природные предпосылки.
Налить (немного) воды, налить (эту) воду, выпить (стакан) воды, выпить (всю) воду.
В данном случае "вОды" - корректно (в знач. "напитки").
Оба варианта верны.
