Да, название этой должности пишется с прописной буквы.
Оборот с союзом как в данном случае имеет дополнительное значение причины, а потому обособляется: Государь, как Верховный главнокомандующий, регулярно выезжает в Ставку.
Верно: По словам главнокомандующего Воздушно-космическими силами РФ.
1. Такое употребление нарушает грамматическую норму. После слов заведующий, управляющий, командующий существительное ставится в форму творительного падежа.
2. Употребление аббревиатуры НАТО как существительного среднего рода корректно.
Правильно: Верховный главнокомандующий (см.: В. В. Лопатин, И. В. Нечаева, Л. К. Чельцова. Прописная или строчная? Орфографический словарь. М., 2007).
Лингвистические словари фиксируют написание Вооруженные силы РФ, однако в официальных документах принято написание с прописной буквы всех слов в этом сочетании. Вариант Вооруженные Силы Российской Федерации зафиксирован, например, в «Кратком справочнике по оформлению актов Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации» (этот справочник рекомендуется как нормативный источник для оформления официальной документации).
Правильно: помериться силой и силами.
