Согласны с Вами: стоит выбрать вариант Приказ тайных дел. Такой вариант соответствует общему правилу о написании названий организаций: с прописной буквы в них пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные. Ср. другие исторические наименования различных ведомств, зафиксированные в академическом орфографическом словаре, размещенном на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН:
Верхо́вный та́йный сове́т (в России, 1726–1730)
Вре́менное прави́тельство (в России, 1917)
Госуда́рственная ду́ма (в России, 1906–1917)
Прави́тельствующий сена́т (в России, 1711–1917)
Та́йная канцеля́рия (в России, XVIII в.)
Тре́тье отделе́ние (гос. учреждение в России, ист.)
Такого правила нет. Некоторые наименования, включающие слово суд, зафиксированы в академическом словаре:
суд, суда́
Верхо́вный су́д РФ
Вы́сший арбитра́жный су́д РФ
Европе́йский су́д по права́м челове́ка
Кассацио́нный су́д (высшая судебная инстанция в нек-рых странах)
Конституцио́нный су́д РФ
Линч, -а: су́д Ли́нча
Междунаро́дный су́д (в Гааге)
под су́д (отда́ть)
пока́ су́д да де́ло
Стра́сбургский су́д
Стра́шный су́д (библ.)
су́д да де́ло: пока́ су́д да де́ло
шемя́кин су́д, шемя́кина суда́
