В свою очередь — это грамматический фразеологизм. О них писали А. Баранов и Д. Добровольский в книге «Основы фразеологии». Грамматические фразеологизмы — это неоднословные выражения, которые с содержательной точки зрения характеризуются идиоматичностью значения (т. е. их план содержания не вычисляется по регулярным правилам) и которые связаны с нерегулярным выражением грамматических (в том числе модальных) смыслов и/или представляют собой сочетания различных служебных слов.

Такие фразеологизмы могут выполнять метатекстовые функции, вводить примеры и т. п. То есть роль члена предложения в данном случае — не критерий фразеологичности. Так же устроены тем не менее, по меньшей мере, чуть что, в том числе.

Выражение в свою очередь может быть вводной конструкцией, но может быть и фразеологически связанным сочетанием, употребляемым в роли члена предложения. Подробнее см. «Справочник по пунктуации», размещенный на нашем портале.

В таком контексте сочетание в соответствии с предложением имеет значение вводной конструкции, указывающей на источник информации, а потому выделяется запятыми (сравним: Поддержка была оказана в соответствии с предложением руководства — здесь оборот с предлогом в соответствии с является обстоятельством и не требует обособления).

Конструкция в связи с проведением планового ремонта моста на станции не является вводной, это обстоятельство причины. Обособление его не обязательно, но возможно при необходимости подчеркнуть его смысл.

Запятая нужна: К своему недовольству, он отметил, что верёвка действительно немного сползла. Вводная конструкция к своему недовольству указывает на эмоциональную оценку сообщения.

Сочетание не сомневаюсь нужно выделить как вводное — с его помощью говорящий выражает высокую степень уверенности в сообщаемом. С точки зрения синтаксиса приведенный пример интересен тем, что это вводное сочетание находится внутри другой вводной конструкции — предложения как вы знаете, указывающего на источник сообщения: ...как вы, не сомневаюсь, знаете...

В данном предложении сочетание по прогнозу является вводной конструкцией, указывающей на источник информации, и выделяется запятыми. 

В приведенных примерах оборот с производным предлогом согласно служит ссылкой на источник сообщения и тем самым близок вводной конструкции: согласно плану = «как указано в плане» и т. д. Важно значение этого оборота.

По первому предложению: конечно, тире можно не ставить, ссылаясь именно на этот пункт правил. Но если вчитаться в него, то мы заметим, что в нем говорится о вводном слове, но не о вводной конструкции, которая здесь довольно сильно распространена. Тире предпочтительно оставить именно по этой причине: оно ясно сигнализирует о том, что оговорка завершена и сейчас последует сказуемое. В противном же случае различие можно воспринять как однородный член к рознь. Конечно, дочитав предложение до конца, читатель поймет, что это не так, но создавать ему такие дополнительные затруднения ни к чему.

По второму предложению: полагаем, что здесь сочетание запятой и тире является эквивалентом двоеточия. См. ПАС, § 130, прим. 1. Перед нами бессоюзное сложное предложение (каждая часть его представляет собой, в свою очередь, СПП), так что положение этого примечания здесь вполне применимо.

По третьему предложение: это тоже бессоюзное сложное предложение, тире ставится по п. 5 того же параграфа ПАСа.

Для начала — наречие, не требующее постановки знаков препинания.