Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.
Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.
Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
Вы написали правильно. О различии зам. директора – замдиректора см. в ответе на вопрос № 237554.
Мужскую фамилию Бышовец можно склонять двояким образом: с выпадением гласного (Бышовца, Бышовцу) и без выпадения гласного (Бышовеца, Бышовецу). Если речь идет о фамилии футбольного тренера А. Ф. Бышовца, то закрепилось ее склонение с выпадением гласного (Бышовца, Бышовцу).
В словаре Даля зафиксировано слово карбаз (характерное для забайкальских говоров), означающее «паром». Вы не уточнили, в летописи какого города встречается это выражение, но, если этот город расположен в Забайкалье, можно предположить, что имеется в виду паромная переправа.
Сравнительный оборот с как выделяется с двух сторон запятыми.
Мужская фамилия Быковец может склоняться с выпадением е (Быковца, Быковцу и т. д.) и с сохранением (Быковеца, Быковецу и т. д.). О предпочтительном варианте рекомендуем спросить носителя фамилии. Если это невозможно, лучше использовать второй вариант.
Женская фамилия Быковец не склоняется.
В этом предложении составное именное сказуемое был образованнейшим человеком. Словосочетание своего времени, с одной стороны, является несогласованным определением к сущ. человеком, но в большей степени оно зависит от формы превосходной степени образованнейшим и «вызвано к жизни» именно ею: писавшему необходимо было оговорить, что превосходная степень в данном случае ограничена рамками эпохи, и именно это ограничение вводится обстоятельством меры / степени своего времени. (В грамматике значение превосходной степени, не имеющее ограничений, то есть абсолютное превосходство, без сравнения с другими предметами, называется элативом, а значение превосходства по сравнению с другими — суперлативом. В данном случае имеем суперлатив.)
Таким образом, перед нами несогласованное определение с сильным обстоятельственным оттенком.
Наличие пояснительных слов влияет на написание НЕ с причастиями, но не с прилагательными.