Большой толковый словарь
Оба варианта корректны.
Словосочетание продукты питания корректно и зафиксировано в нормативных словарях русского языка в значении 'продукты, предназначенные для питания людей'. Дело в том, что существительное продукт имеет несколько значений, среди них, действительно, есть значения 'предмет как результат человеческого труда || предмет, вещество и т. п. как результат труда в какой-либо отрасли производства' (продукты сельского хозяйства) и 'вещество, образующееся химическим или иным путем из другого вещества' (продукты сгорания). Но есть у слова продукты и значение 'предметы питания, съестные припасы', и именно в этом значении оно употребляется в словосочетании продукты питания.
Допустимы оба варианта, но творительный падеж прилагательного в составном именном сказуемом свойствен книжной речи, а именительный — разговорной. Поскольку в предложении используется книжная лексика, предпочтителен творительный падеж: Питание должно быть сбалансированным.
В названиях министерств с прописной буквы пишется только первое слово и входящие в состав названия имена собственные, поэтому, если бы такое министерство в нашей стране существовало, оно бы называлось Министерство питания Российской Федерации.
О правилах постановки скобок в русском письме см. здесь.
Оба варианта правильны, но вариант консультант по вопросам питания имеет некоторый канцелярский, официальный оттенок. Для живой речи характерно скорее Мой консультант по питанию посоветовал, чем Мой консультант по вопросам питания посоветовал...
