Смысловая разница незначительная: антибактериальные салфетки - предназначенные для борьбы с бактериями; салфетки с антибактериальным эффектом - имеющие, возможно, дополнительный эффект в виде борьбы с бактериями (т. е. это не их основное назначение).
Лучше использовать форму единственного числа: оказывает противовоспалительное и антибактериальное действие, обладает иммуномодулирующим и противоаллергическим действием.