Запятая перед несмотря нужна.

Возможно, это просторечные или диалектные варианты произношения. Литературным нормам современного языка они не соответствуют.

Знаки препинания расставлены верно. Вводное предложение что более примечательно обособляется.

В данном случае сочетание по гипотезе вводное (указывает на источник сообщения) и выделяется запятыми. 

Действительно, в данном случае вводная конструкция, указывающая на источник сообщения, включает причастный оборот: по гипотезе, предложенной учеными. Знаки препинания внутри вводных конструкций ставятся на общих основаниях. Если автору или редактору представляется, что использование запятых делает предложение недостаточно ясным по смыслу, вводную конструкцию можно оформить как вставку: Примечательно, что гибель Содома — по гипотезе, предложенной учеными, — может быть связана со взрывом астероида над городом Телль-эль-Хаммам.

Верно, это именной компонент сказуемого главной части. Главная часть двусоставная, подлежащее опущено (вместо него — придаточное), примечательно — краткое прилагательное.