В «Справочнике по правописанию и литературной правке» Д. Э. Розенталя, в пособии Ю. А. Бельчикова «Практическая стилистика современного русского языка», а также в «Словаре географических названий» А. В. Суперанской указано, что такие названия не склоняются в сочетании с родовым словом: в городе Старый Крым, из города Великий Устюг, в городе Старый Оскол, над городом Лодейное Поле. В то же время «Словарь грамматических вариантов русского языка» Л. К. Граудиной, В. А. Ицковича, Л. П. Катлинской указывает, что в топонимах, выраженных сочетаниями слов, части наименования должны склоняться: в городе Вышнем Волочке, однако в разговорной и профессиональной речи распространился и укоренился несклоняемый вариант: под городом Вышний Волочек, в поселении Долгий Мост.

Поэтому рекомендуем несклоняемый вариант: в городе Верхняя Пышма.

Оба варианта корректны.

В данном случае вводная конструкция как показывает жизнь находится после сочинительного (присоединительного) союза, стоящего в начале предложения. Обычно такой союз образует с вводной конструкцией тесное смысловое единство и не требует отделения запятой. Можно говорить, например, о текстовых скрепах и действительно, но так или иначе, а между прочим и т. п. Однако, как отмечается в параграфе 25.6 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя, «иногда (при интонационном выделении вводных слов или вводных предложений, при их включении в текст посредством подчинительного союза) после присоединительного союза запятая перед вводной конструкцией ставится: Но, к великой моей досаде, Швабрин… решительно объявил, что песня моя нехороша (П.); И, как водится, вспоминали только одно хорошее (Крым.)». В приведенном предложении вводная конструкция включена в текст посредством подчинительного союза, так что постановка запятой здесь вполне уместна.

Да, такое вполне возможно.

Специального правила для склонения названий пещерных городов Крыма, конечно, нет. Есть общие закономерности склонения и практика употребления. Названия Тепе-Кермен и Бакла склоняются, см., например, статьи в «Большой российской энциклопедии» «Крым» (ср. близ Эс­ки-Кер­ме­на) и «Бакла».

Корректно написание со строчной буквы при употреблении сочетания как описательного оборота, например: На стенах рядом с портретами помещены 12 лепных медальонов, обрамленных позолоченными лавровыми венками, с названиями крупнейших сражений русской армии в 1812–1814 гг.; В плен сда­лась вся шведская ар­мия вме­сте с Ле­вен­га­уп­том. Сочетание Русская армия используется как название белогвардейских войск во время Гражданской войны 1917—1922 гг., например: Вскоре Крым стал бастионом Русской армии генерала Врангеля. Сочетание Русская армия встречается в контекстах, где ему приписывается особый высокий смысл, например: Вспомним вычеркнутые из отечественной истории подвиги Русской армии, тех, кто защищал нашу Родину.

Словарь имён собственных

Написание наименований таких документов без кавычек - устоявшаяся практика.

Верно в предложном падеже: о Крыме, в Крыму.

Такое употребление некорректно. Верный вариант: в экспедицию.