В этом предложении отношения между деепричастием думая и сказуемым победил противительно-уступительные («победил, хотя/но думал, что...»), деепричастие не характеризует действие, выраженное сказуемым, а обозначает отдельную ситуацию. Соответственно, запятая перед ним нужна.

К большому сожалению, читатели Письмовника не всегда обращают внимание на его название, на содержание аннотации и на списки первоисточников в статьях. Ни то, ни другое, ни третье не дает оснований произвольно интерпретировать предназначение Письмовника и обсуждаемый в нем материал.

Судя по практике письма и примерам из справочников, решающий фактор необособления сравнительного оборота состоит в том, что без него сказуемое не может выразить нужный смысл, действительно как в случае 1. Смысловая значимость какого бы то ни было оборота подчеркивается порядком слов: оборот находится в ударной позиции, то есть после сказуемого и в конце предложения (или в конце части сложного предложения); в случае 4 такого не наблюдается.

По правилам пишутся раздельно сочетания двух нарицательных существительных, первое из которых обозначает родовое понятие, а второе — видовое. В справочниках по правописанию, в которых описывается данное правило, приводятся не только примеры соотношений «род — вид» (птица иволга, гриб подосиновик), но и примеры слов, выражающих более дробное членение на виды и подвиды: антилопа сайгак, попугай какаду, обезьяна макака. При этом отмечается дефисное написание для многих слов, в которых «вторая часть не служит самостоятельным видовым обозначением». На практике же написание слов этого типа сильно колеблется, всё больше устанавливается дефисное написание при описании подвидов, даже если вторые части могут употребляться самостоятельно в том же значении.

Невозможно игнорировать тот факт, что у слова онкология в современном русском языке появилось новое значение — 'онкологическое заболевание', пусть оно и воспринимается пока как примета разговорной речи. Это значение действительно не зафиксировано пока в нормативных словарях русского языка. Но из этого совершенно не следует, что такое употребление слова онкология ошибочно. Скорее стоит признать, что словари, как это часто бывает, запаздывают с фиксацией нового значения слова.

Финские топонимы можно разделить на три группы в зависимости от того, какие морфологические признаки они приобретают в русской речи. В первую группу входят несклоняемые топонимы типа Хельсинки, Тампере, Лахти, Куопио. Вторую группу составляют склоняемые топонимы, близкие по внешнему облику русским существительным: Варкаус, Лаппенранта, Котка, Раума. В третьей группе объединим топонимы, употребляемые в вариантных формах и имеющие, как правило, финальные сочетания -ла и -ля. Часть таких топонимов давно русифицирована (в частности, наименования населенных пунктов в Карелии Сортавала, Хийтола, Рускеала, Хелюля), их склоняемые формы получили отражение в печатных источниках или даже кодифицированы в словарях, хотя примеры в прессе свидетельствуют о том, что эти топонимы часто употребляются в несклоняемом виде. Двувариантность сохраняется у топонимов с финальным -ля. Примечательно, что это подтверждают и словари: топоним Вяртсиля представлен как несклоняемое имя, но вместе с тем его известность в качестве пограничного пункта обеспечила ему в устной речи весь ряд падежных форм существительного женского рода. Очевидно, что исторические обстоятельства и распространенность оказываются решающими факторами, обусловливающими неприсоединение или присоединение финского топонима к падежному ряду русских существительных. Из этого следует и обратное: малоизвестное имя остается в неизмененном виде, что несомненно оправданно в случаях с иноязычным топонимом. Научная литература и периодика демонстрируют несклоняемость топонима Киттиля. Добавим: в источниках он воспроизводится и в другом графическом варианте: Киттила.

Женская фамилия Макштадт не склоняется, а склонение мужской фамилии Макштадт обязательно. В данном случае не имеет значения ни языковое происхождение фамилии, ни ее история, ни ее произношение. Важно, что фамилия оканчивается на согласный, а все мужские фамилии, оканчивающиеся на согласный (кроме фамилий на -ых, -их типа Черных), склоняются в русском языке.

В контексте перечисления однородных сказуемых неуместен оборот с союзом как, первая часть которого представляет собой отдельную грамматическую основу (три года, как...): Аня и Катя были неразлучными подругами, жили в одном доме, уже три года сидели за одной партой и даже своим собакам дали одинаковые клички. Сравним предложение без перечисления: Уже [прошло] три года, как Аня и Катя сидели за одной партой...

Сочетание в целом не выделяется запятыми.

Запятая, закрывающая придаточную часть, нужна. Тире ее не заменяет, оно поставлено между частями бессоюзного сложного предложения.