Вообще-то может быть как вводным словом, так и частицей, причём эти функции разграничить трудно. В конечном счёте решение об обособлении вообще-то принимает автор.
В научном тексте оба выражения возможны, однако следует различать выражения по смыслу. В наречном значении 'в окончательном итоге, в завершение' выражения синонимичны. В значении вводного употребляется только в конце концов.
Здесь лучше: впоследствии, в итоге.